O setor de fonoaudiologia desenvolve trabalhos ligados à fala, a aquisição, compreensão e estruturação da linguagem, voz, audição e motricidade oral. Avalia individualmente o educando a fim de conhecer melhor suas dificuldades e estabelecer o trabalho a ser desenvolvido.
A Fonoaudiologia visa: prevenir, habilitar e reabilitar os distúrbios da comunicação oral e escrita; aquisição, compreensão e estruturação da linguagem; voz; audição e motricidade orofacial.
O setor atende individualmente e também em grupo. Orienta à família a fim de informá-las sobre o trabalho a ser desenvolvido com o seu filho. Orienta os profissionais de outros setores para estabelecer projetos e trabalhos a serem desenvolvidos com o educando atendido. Orienta os profissionais da escola mantida pela APAE conforme as necessidades e solicitações apresentadas. Realiza atendimento domiciliar, conforme as limitações apresentadas pela criança ou adulto. Faz triagem de acordo com os encaminhamentos recebidos, retornando à família ou à escola a necessidade de atendimento ou não no setor.